大明寺位于扬州城区西北郊蜀冈风景区之中峰，是集佛教庙宇、文物古迹和园林风光于一体的游览胜地。大明寺古有扬州第一名胜之说。大明初建于南朝宋孝武帝大明元年（457），故称“大明寺”。隋仁寿元年（601），文帝杨坚六十寿辰，诏令在全国三十个州内立三十座塔，以供奉舍利（佛骨）其中一座建立在大明寺内，称“栖灵塔”。塔高九层，因寺从塔名，故“大明寺”与“栖灵寺”并称；又因大明寺在隋宫、唐城之西，亦称“西寺”。
唐天宝二载（743）， 大明寺律学高僧鉴真大师应日本僧人荣睿、普照的邀请，为弘扬佛法，首次筹划东渡日本。其后历经十年艰险， 先后五次失败，终在唐天宝十二载-日天平胜宝五年（753）， 东渡日本成功。鉴真大师为中日友谊开辟了新的篇章。
唐会昌三年（843）， 栖灵塔遭大火焚毁。会昌五年，武宗诏令毁全国大寺四千余所、中小寺院四万余所，佛教徒称之为“会昌法难”，大明寺未能免于此难而遭毁坏。唐末吴王杨行密兴修殿宇，并更名为“秤平”。
宋景德年间，僧人可政化缘募捐。集资建塔七级，名“多宝”。真宗赐名“普惠”。寺庙自宋末历经元朝至明初沿称”大明寺”。
明天顺五年（1461），僧人智沧溟决心重建庙宇，经师徒三代经营，规模渐复；后经变乱，塔寺变为荒丘。万历年间郡守吴秀建寺复垲。崇祯年间巡漕御史杨仁愿又重建寺庙。
清康熙、乾隆二帝多次南巡维扬，寺庙不断增建，规模逐步宏大，光禄寺少卿汪应庚费力颇多，大明寺遂成为杨州八大名刹之首。雍正帝曾题联“万松月共衣珠朗，五夜风随禅锡鸣。” 乾隆帝曾题额“蜀冈慧照”题联：“淮海奇观别开清净地，江山静对远契妙明心。”清廷因讳“大明”二字，曾沿称“栖灵寺”。乾隆三十年（1765），当高宗第四次巡游扬州时，御笔题书“敕题法净寺”（敕：皇帝号令）。其实大明二字并非指大明王朝，而是南北朝时期，南朝宋孝武帝刘骏的年号，与大明王朝相隔千载。咸丰三年（1853），法净寺毁于太平军与清军之兵燹。同治九年（1870），盐运使方浚颐重建。
民国二十三年（1934），国民党中央执行委员邑人王柏龄（字茂如）一度重修寺庙。民国三十三年，大明寺住持昌泉禅师与程帧祥募集资金，由王靖和董理工程，重修庙宇佛像。1951年修建寺庙。 1957年8月，法净寺列为江苏省文物保护单位。1963年，又重修寺庙。1966年，文革浩劫时期，“红卫兵”以破四旧为名，要砸烂寺庙佛像。出于周恩来总理的电谕，要坚决保护大明寺文物古迹。地方政府采取封闭庙宇的措施，因此寺庙才幸免于难。 1973年，鉴真纪念堂建成。1979年3月，寺庙全面维修，所有佛像贴金箔，此后至今寺内香火不断，中外宾客云集于此以祈求吉祥。1980年，为迎接鉴真大师像从日本回扬州“探亲”又将“法净寺”复名为“大明寺”。