此佛于过去世行菩萨道时，曾发十二大愿，愿为众生解除疾苦，使具足诸根，导入解脱，故依此愿而成佛，住净琉璃世界，其国土庄严如极乐国。这十二大愿记载于《药师如来本愿经》。
第一大愿：愿我来世，得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然照耀无量无尽无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形庄严其身；令一切有情如我无异。
第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽；光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生，有所乏少。
第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；苦行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立。
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具三聚戒；设有毁犯，闻我名已还得清净，不堕恶趣。
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋、顽愚、盲、聋、喑、哑、挛躄、背偻、白癞、癫狂、种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦；我之名号一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情出魔羂网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情王法所加，缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情饥渴所恼，为求食故造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味毕竟安乐而建立之。
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘、涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
愿所有弘法功德回向：
赞助、流通、见闻、随喜者，及皆悉回向尽法界、虚空界一切众生，依佛菩萨威德力、弘法功德力，普愿消除一切罪障，福慧具足，常得安乐，无诸病苦。欲行恶法，皆悉不成。所修善业，皆速成就。关闭一切诸恶趣门，开示人天涅槃正路。家门清吉，身心安康，先亡祖妣，历劫怨亲，俱蒙佛慈，获本妙心。兵戈永息，礼让兴行，人民安乐，天下太平。四恩总报，三有齐资，今生来世脱离一切外道天魔之缠缚，生生世世永离恶道，离一切苦得究竟乐，得遇佛菩萨、正法、清净善知识，临终无一切障碍而 往生有缘之佛净土，同证究竟圆满之佛果。
